Národní program konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu
HOUBY A KVASINKY
Sbírka zemědělsky významných hub (VURV–F), (VÚRV, v. v. i., Praha)
Sbírka byla založena v 90-desátých letech a na vedení a zaměření se postupně podíleli RNDr. Jiřina Krátká DrSc., RNDr. Eliška Sychrová a RNDr. Michaela Zemánková PhD. V současné době je vedoucím a kurátorem RNDr. David Novotný, PhD a technickou stránku sbírky zajišťuje Jitka Dunaiová
• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
fytopatogenní a potenciálně fytopatogenní, mykotoxinogenní a potenciálně mykotoxinogenní druhy hub (vyjma biotrofních druhů) a jedlé a léčivé druhy hub pěstované českými zemědělci, okolo 400 kmenů zejména ze skupin Deuteromycota, Ascomycota a Basidiomycota, méně pak Oomycota a Zygomycota, protilátky proti vybraným fytopatogenními druhům hub – okolo 15 položek
• Aktivity/výzkumné aktivity
hlavní aktivity
shromažďování, deponování a uchovávání kultur ve sbírce
poskytování kultur
poskytování informací o uchovávaných kmenech
zachovávání genofondu hub
• výzkumné aktivity pracovníků sbírky
diagnostika, mikrobiologická, morfologická, fyziologická a biochemická charakterizace fytopatogenních, entomopatogenních, nematofágních, mykotoxinogenních a endofytických hub významných pro zemědělství a bezpečnost zemědělských komodit a potravin (hub zejména ovocných a lesních dřevin, energetických dřevin, obilnin, jedlých hub),
• Služby
Poskytovaní kultur uchovávaných kmenů hub
Zakázková diagnostika a determinace mikroskopických hub klasickými a moderními metodami,
Zakázková příprava většího objemu biomasy hub (na pevných i tekutých mediích)
Expertní činnost v oblasti ekologie mikroskopických hub
Zakázkové uchovávání kultur hub (tzv. bezpečné uložení kultur a patentové kultury na národní úrovni)
• Metody uchování kmenů
uložení na šikmém agaru pod parafínovým olejem, uložení v mrazícím boxu
• systémy kvality, interní normy, správná laboratorní praxe na základě systému MINE
• začlenění do národních a mezinárodních organizací/platforem (WFCC, ECCO, FCCM, …),
jiné mezinárodní aktivity
člen FCCM jako součást Sbírky fytopatogenních mikroorganismů VÚRV (CPP)
V této části hypertextový odkaz na domovskou stránku, případně katalog, další užitečné odkazy
Využití sbírky:
• využití kmenů: zejména pro vědu, výzkum a výuku
• uživatelé, klienti: veřejné vysoké školy, státní orgány a ústavy, veřejné výzkumné instituce, soukromé výzkumné instituce
Kontakt:
Výzkumný ústav rostlinné výroby v.v.i.,
Odbor ochrany plodin a zdraví rostlin (OOPZR)
, Ekologie a diagnostika houbových patogenů
, Drnovská 507, 161 06 Praha 6 – Ruzyně
Pracovníci, kontakt:
• vedoucí/odpovědný pracovník – RNDr. David Novotný PhD.
novotny@nullvurv.cz, 233022373, 233022358
• další pracovníci – Jitka Dunaiová
Sbírka biotrofních hub (VURV–A), VÚRV, v. v. i., Praha)
Počátek určování fyziologických ras rzí na pšenici spadá do šedesátých let minulého století. Výsledky byly pravidelně publikovány ve vědeckých časopisech (Genetika a Šlechtění, nyní Czech Journal of Genetics and Plant Breeding a Ochrana rostlin, nyní Plant Protection Science). O výsledcích byli informováni šlechtitelé a výsledky byly využity ve šlechtění pšenice na odolnost proti rzím. Od té doby stále probíhá determinace fyziologických ras a izoláty rzi se udržují ve sbírce.
• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka obsahuje 826 izolátů rzi pšeničné, 29 izolátů rzi travní, 2 provenience rzi plevové a 15 izolátů padlí travního.
• Aktivity/výzkumné aktivity
Izoláty rzí se využívají v testech rezistence v polních a skleníkových pokusech. Inokulum rzí využívají domácí i zahraniční šlechtitelé.
• Metody uchování kmenů
Určené izoláty se uchovávají ve sbírce jako urediospory. Padlí travní se uchovává na listových segmentech. Často užívané izoláty se uchovávají v chladničce při 5°C, základní sbírka se uchovává v ultranízké teplotě -85°C.
• Systémy kvality
Určování izolátů se provádí na mezinárodně užívaných souborech diferenciačních odrůd. K determinaci slouží jednokupkové izoláty rzi. K uchovávání izolátů rzi a padlí travního se užívá standardních metod.
• Národní a mezinárodní vazby
Izoláty rzi se užívají v mezinárodní vědecké spolupráci (Austrálie, U.K., Francie, Maďarsko, Slovensko). Na domácí úrovni se izoláty využívají ve šlechtění pšenice na odolnost a v testování rezistence pšenice organizacemi ÚKZÚZ (na Slovensku ÚKSÚP).
Využití sbírky:
Izoláty rzí se využívají ve šlechtění pšenice na odolnost v České i Slovenské republice. Využívá je rovněž ÚKZÚZ a ÚKSÚP. Užívají se rovněž ve vědecko-výzkumné práci na domácí i mezinárodní úrovni.
• Uživatelé, klienti: organizace zabývající se šlechtěním pšenice, ÚKZÚZ, ÚKSÚP, zahraniční vědecké instituce
Kontakt:
Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
Odbor genetiky, šlechtění a kvality produkce
Drnovská 507
161 06 Praha 6 – Ruzyně
Zodpovědný kurátor: Mgr. Alena Hanzalová, Ph.D.
e-mail: hanzalova@nullvurv.cz, tel: 233022243
Další pracovníci
Ing. P. Bartoš, DrSc
Sbírka jedlých a léčivých makromycetů (VURV–M), (VÚRV, v. v. i., Olomouc)
Sbírka byla založena v roce 2006 jako kolekce diaspor – výtrusů, sklerocií apod., nejčastěji v podobě tzv. „sporeprints“ (otisků plodnic s výtrusy) se záměrem vytvořit originální soubor genofondových položek autochtonních jedlých druhů makromycet středoevropské mykoflóry. Od roku 2008 je sbírka zařazena do Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu.
• Charakteristika sbírky
Charakteristika sbírky: Naším cílem je vytvořit specializovanou mykologickou sbírku, zaměřenou na shromažďování a uchovávání geneticky homogenních kultur autochtonních druhů jedlých a/nebo léčivých makromycet využitelných pro zahradní kultivace a podpora nově vznikajících zahradních mykotechnologií.
Nejpočetnější část kolekce tvoří smržovité houby (Morchellaceae), další část představují různé druhy jedlých a/nebo léčivých stopkovýtrusných hub (Basidiomycetes), které mají potenciální význam pro zahradní kultivace.
Kolekce je průběžně rozšiřována o nové izoláty získané ze sběrových aktivit.
• Metody uchování kmenů
Do Národního programu byly zařazeny izoláty ve formě myceliálních kultur, pravidelně pasážované a udržované na standardních živných médiích (žitný substrát, MEGA- sladinový agar s glukózou, PDA) a uchovávané v chladničce při +4-7°C. Od roku 2018 jsou kmeny současně uchovávány v kryoprezervaci v Centrální laboratoři NPGZM.
Kontakt:
Pracoviště: VÚRV v.v.i. Olomouc, odbor genetiky, šlechtění a kvality produkce
Kurátor:
RNDr. Irena Petrželová
Petrželová Irena, RNDr. Ph.D.
Tel.: 585 208 966, 702 087 798
e-mail: petrzelova@nullgenobanka.cz
Bc. Pavel Kopecký (zástupce)
Sbírka pivovarských mikroorganismů (RIBM), (VÚPS, a. s., Praha)
Sbírka pivovarských kvasinek vznikla v roce 1946 jako součást sbírky kvasinek a kvasinkovitých mikroorganizmů pod vedením Dr. Kockové-Kratochvílové, od roku 1953 působí samostatně. Kolekce je od roku 1964 členem Federace Českých a slovenských sbírek mikroorganismů a je mezinárodně registrovaná s názvem RIBM pod číslem 655. Svým zaměřením na produkční kmeny pivovarských kvasinek je ojedinělá v oblasti Střední a Východní Evropy. Roku 1996 se Sbírka pivovarských kvasinek stala (jako jedna z velmi specificky zaměřených a průmyslově využitelných sbírek) součástí „Národního programu ochrany genofondu mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu a jejich využití v referenční diagnostice“. Tento projekt je také podporován českou vládou formou dotace Ministerstvem zemědělství ČR. Program je veden Radou genetických zdrojů mikroorganismů, která sleduje závazné zachování funkční existence sbírek mikroorganismů odpovídajícího charakteru.
• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka RIBM obsahuje dvě oddělené sbírky, Sbírku pivovarských kvasinek a Sbírku bakterií, a divokých a vinařských kvasinek. Sbírka v současné době zahrnuje celkem 308 kmenů kvasinek a bakterií. Nejvýznamnější část sbírky tvoří kolekce 118 kmenů kulturních pivovarských kvasinek Saccharomyces pastorianus a S. cerevisiae, shromažďovaných průběžně od roku 1953 z českých i zahraničních pivovarů. Sbírka divokých a vinařských kvasinek obsahuje 79 kmenů řazených do rodů Saccharomyces, Torulaspora, Zygosaccharomyces, Dekkera, Williopsis, Pichia, Schizosaccharomyces, Saccharomycodes, Candida, Kloeckera a Rhodotorula. Ve Sbírce bakterií je deponováno 108 kmenů rodů Lactobacillus, Leuconostoc, Pediococcus, Tetragenococcus, Lactococcus a 3 kmeny rodu Pectinatus.
• Metody uchování kmenů
Sbírky pivovarských a divokých kvasinek jsou vedeny na sladinových agarech pod zaparafinovanou vatovou zátkou a současně na sladinových agarech převrstvených sterilním parafinovým olejem odděleně v chladícím boxu. Tyto osvědčené způsoby vedení kultur umožňují dodání kmene žadateli rychle a v aktivním stavu na šikmém agaru, případně rozkvašené do 1,5 l mladiny, což usnadňuje převedení produkčního kmene do výroby. Od roku 2006 jsou kmeny pivovarských kvasinek uchovávány v kryozkumavkách s ochranným médiem v tekutém dusíku při teplotě -196°C. Uložení v tekutém dusíku (kryoprezervace) je považováno za optimální způsob dlouhodobého uchovávání kvasinek v životaschopném stavu. Bakterie mléčného kvašení jsou paralelně uchovávány v polotučném mléce, v kapalném dusíku a v lyofilizovaném stavu.
Využití sbírky:
Sbírkové kmeny jsou primárně využívány pro výzkumné projekty řešené VÚPS a dalšími výzkumnými organizacemi (MSM6019369701, 1M0570, 2B08022, 2A-2TP1/031, FI-IM5/067, QF3299, QI91B226 atd.). Kmeny jsou dále využívány pro výuku a diplomové a doktorské práce na vysokých školách.
• Hlavní uživatelé služeb Sbírky
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze (výzkum, diplomové a doktorské práce)
Univerzita Karlova v Praze (výzkum, diplomové a doktorské práce)
Přírodovědecká fakulta Masarykovy Univerzity v Brně (diplomové a doktorské práce)
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i. v Praze (výzkum)
Univerzita Tomáše Bati ve Zlíně (výzkum)
Technická univerzita v Liberci (výuka)
Kontakt:
Výzkumný ústav pivovarský a sladařský, a.s.
Lípová 15
120 44 Praha 2
• vedoucí/kurátor sbírky
RNDr. Dagmar Matoulková, Ph.D.
matoulkova@nullbeerresearch.cz
tel.: 224 900 132
• zástupce kurátora
Ing. Petra Kubizniaková
kubizniakova@nullbeerresearch.cz,
tel.: 224 900 152
webové stránky: http://www.beerresearch.cz
Sbírka kultur hub (CCF), (PřF UK, Praha)
Založena v letech 1964-65 pod vedením Dr. Olgy Fassatiové.
V roce 2006 se sbírka začlenila do Národního programu genetických zdrojů mikroorganismů a drobných živočichů hospodářského významu (NPGZM).
• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka uchovává saprotrofní vláknité mikroskopické houby, především z oddělení Ascomycota a Zygomycota.
Do databáze Národního programu je zařazeno 322 kultur hub (z celkového počtu cca 4000 kmenů hub).
V databázi Národního programu jsou zahrnuty houby kontaminující potraviny, houby toxinogenní, fytopatogenní, entomopatogenní a houby s biotechnologickým významem.
• Oblasti výzkumu
Taxonomie askomycetů
Biodiverzita a ekologie mikromycetů v půdách a opadu
Asociace hub, brouků a dřevin
Klinicky významné houby
Houby v prostředí člověka (ovzduší, potraviny, byty)
• Služby
Bezplatné poskytování kultur hub z databáze Národního programu výukovým a výzkumným institucím
• Placené služby (ceník)
Poskytování ostatních kultur hub pro výukové a vědeckovýzkumné účely. Kultury jsou poskytovány ve zkumavkách nebo ve formě lyofilizátů.
Bezpečné uložení kultur mikroskopických hub na určitou dobu.
Lyofilizace kultur hub.
Izolace a identifikace čistých i směsných kultur mikroskopických hub.
Molekulární analýza hub.
• Metody uchování kmenů
ve zkumavkách na šikmých agarových médiích v chladničce při cca 5° C
v lyofilizované formě
v alginátových peletách
• Členství v národních a mezinárodních organizacích
Světová federace sbírek kultur (WFFC) – od roku 1972 pod registr. č. 182
Evropská organizace sbírek kultur (ECCO) – od roku 1985
Federace československých sbírek mikroorganismů (FCCM)
Využití sbírky:
Sbírka slouží pro výuku mykologů a výzkum a k dlouhodobému uchovávání vědecky významných kultur hub jako doklad.
Poskytuje mikromycety pracovníkům a studentům vzdělávacích a výzkumných institucí i průmyslových laboratoří.
Tvorba vzdělávacích materiálů:
Toxinogenní mikromycety
Entomopatogenní houby
Odkazy
• Atlas zygomycetů (2009)
• Atlas mikroskopických saprotrofních hub (Ascomycota) (2006)
• Miniatlas mikroorganismů (2001)
• Collection of Food Relevant Microscopic Fungi under the Czech National Programme of Protection of Genetic Resources of Economically Significant Microorganisms – A Short Report
Kontakt:
Pracoviště/ adresa
Univerzita Karlova
Přírodovědecká fakulta
Katedra botaniky
Benátská 2
128 01 Praha 2
Česká republika
Pracovníci/kontakt
• odpovědný pracovník
RNDr. Alena Kubátová, CSc.
• odborní pracovníci
Mgr. Vít Hubka, Ph.D.
Mgr. Miroslav Kolařík, Ph.D.
Mgr. Ondřej Koukol, Ph.D.
• laborantky
Adéla Kovaříčková
Petra Seifertová
• kontakt
Sbírka kultur hub (CCF)
Univerzita Karlova
Přírodovědecká fakulta
Katedra botaniky
Benátská 2, 128 01 Praha 2
Česká republika
tel.: 221951656 (Dr. A. Kubátová),
fax: 221951645 (sekretariát Katedry botaniky)
webová stránka: http://botany.natur.cuni.cz/cs/sbirka-kultur-hub-ccf
Česká sbírka fytopatogenních oomycetů (CCPO), (VÚKOZ, v. v. i., Průhonice)
Sbírka byla založena v r. 2005 pod vedením Mgr. Karla Černého, PhD.
Od r. 2012 je součástí Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů.
• Charakteristika sbírky
V současné době je ve veřejné části sbírky uloženo cca 312 kmenů více než 29 taxonů oomycetů náležejících do rodů Phytophthora (23 taxonů) a Pythium (6 taxonů). V pracovní části sbírky je uloženo cca 400 dalších izolátů. Izoláty byly získány z mnoha desítek různých taxonů hostitelů – zejména lesních, okrasných a ovocných dřevin a z dalších hostitelů a z nejrůznějších typů porostů a výsadeb v rámci celé ČR (městské parky, soukromé zahrady, břehové a lesní porosty, okrasné školky, sady, zahradnické prodejny). Personál sbírky tvoří Marcela Mrázková (kurátor), Markéta Hejná (molekulární determinace) a Liliya Fedusiv (technik).
• Metody uchování kmenů
Jednotlivé izoláty jsou uchovávány na šikmých agarech (OA agar) ve zkumavkách v chladnici při teplotě cca 12°C ve čtyřech paré. Jejich stav je pravidelně kontrolován a jsou průběžně přeočkovávány v intervalu 1 – 2 let.
Využití sbírky:
Sbírka slouží k uchování genofondu významných fytopatogenních a dalších oomycetů ČR. Izoláty jsou využívány k diagnostice chorob rostlin, k testování rezistence rostlin, ke srovnávání patogenity, k testování a vývoji metod ochrany rostlin a k dalším výzkumným a experimentálním účelům. Vybrané izoláty jsou na vyžádání poskytovány domácím a zahraničním vědeckým institucím. Využívány jsou v pedagogickém procesu jako výukový srovnávací materiál.
Kontakt:
Výzkumný ústav Silva Taroucy pro krajinu a okrasné zahradnictví, v.v.i.
Květnové nám. 391
252 43 Průhonice
Ing. Marcela Mrázková, e-mail: mrazkova@nullvukoz.cz, telefon: + 420 296 528 234 (kurátor)
Markéta Hejná (molekulární determinace)
Liliya Fedusiv (technik).
Sbírka průmyslově využitelných mikroorganismů, (VÚPP, v. v. i.)
• Aktivity, výzkumné aktivity, služby:
Sbírka zajišťuje potřeby v oblasti potravinářské a zemědělské. Kmeny jsou využívány pro zpracování potravinářských a zemědělských komodit, pro potřeby kontrolní analytické činnosti a výzkumné úkoly řešené ve VUPP i jinde.
• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
Sbírka obsahuje bakterie, kvasinky a plísně důležité v potravinářském průmyslu a zemědělství (celkem 150 kmenů, z toho 125 kmenů kvasinek, 17 kmenů bakterií a 8 kmenů plísní).
• Metody uchování kmenů
Kmeny se uchovávají na šikmých agarech v aktivním stavu.
Využití sbírky:
• Využití kmenů
Nejpočetnější skupinou mikroorganismů ve sbírce jsou kvasinky – 125 kmenů. Jsou to jednak kmeny alkoholového kvašení a kmeny drožďárenské, využívané v příslušných oborech, zejména v oblasti výzkumu. Dále jsou ve sbírce i kmeny, které jsou využívané pro speciální výroby, např. kmeny schopné likvidovat ropné materiály a kmeny schopné produkovat potravinářsky využitelné cheláty esenciálních stopových prvků a kmeny, které se využívají pro výrobu speciálních dietetik.
Druhou skupinou mikroorganismů ve sbírce jsou bakterie – 17 kmenů. Některé z nich jsou využívány pro mikrobiologické analytické metody, jiné jsou používány pro testování netradičních potravin působících antibakteriálně.
Třetí skupinou mikroorganismů ve sbírce jsou plísně – 8 kmenů. Většina těchto kmenů jsou producenti enzymů, které mají využití v potravinářském průmyslu a zemědělství. Jsou to amylasy, glukoso oxidasa, celulasy a amyloglukosidasa.
• Uživatelé a klienti
Uživatelé sbírky jsou především výzkumné ústavy pracující v oboru mikrobiologie, potravinářských výrob a zemědělství. Příkladem klientů je např. Laboratoř enzymových technologií MBÚ AV ČR Praha, Laboratoř biologie a mikrobiologie – Ústav ekologie krajiny AV ČR, České Budějovice, Výzkumný ústav pivovarský a sladařský, Výzkumný ústav antibiotik a biotransformací Praha a jiné.
Kontakt:
Odpovědný řešitel/kurátor: Ing. Zdeněk Moučka
tel.: 737 287 009
zdenek.moucka@nullvupp.cz
Zástupce odpovědného řešitele: Ing. Marian Urban, Ph.D.
tel.: 737 287 003
marian.urban@nullvupp.cz
Pracoviště: Výzkumný ústav potravinářský Praha, v.v.i.
tel: 296792209
Sbírka kultur basidiomycetů (CCBAS), (MBÚ AV ČR, v. v. i., Praha)
Sbírka basidiomycetů hospodářsky významných pro zemědělství (CCBAS-A) je integrální součástí mateřské sbírky CCBAS (Culture Collection of Basidiomycetes), uchovávané v Mikrobiologickém ústavu AV ČR, v.v.i., která vznikla v roce 1959. Od roku 2003 je CCBAS-A zařazena do Národního programu konzervace a využívání genetických zdrojů mikroorganismů a drobných organismů hospodářského významu. Zde figuruje jako kolekce genetických zdrojů basidiomycetů hospodářsky významných pro zemědělství pod evidenčním číslem NPGZ-M/03-025 (předmět podpory B 3.8. Basidiomycety).
Sbírka zahrnuje v současnosti 346 kmenů basidiomycetů ve 168 druzích, zejména dřevokazných; nové kmeny jsou průběžně doplňovány.
• Aktivity/výzkumné aktivity
Součástí práce pracovníků sbírky je studium nových a optimalizace stávajících metod konzervace hub, jejich ověřování a zavádění do praxe. Na našem pracovišti byla vyvinuta a ověřena nová původní metoda kryoprezervace kultur hub na perlitu, která je prakticky využívána nejen v naší, ale i četných zahraničních sbírkách hub. Pracoviště slouží jako zdroj kultur basidiomycetů pro účely výzkumu a výuky, který je hojně využíván domácími i zahraničními kolegy. Další aktivitou jsou konzultace týkající se kultivace, fyziologie a genetiky basidiomycetů. Dr. Homolka přednáší na Přírodovědecké fakultě UK (Základy fyziologie a genetiky vláknitých hub) a účastní se tuzemských a zahraničních konferencí a kongresů. Nezanedbatelnou aktivitou je také publikace dosažených výsledků v impaktovaných odborných časopisech. Dr. Homolka také provádí podle potřeby školení operátorů sbírek pro práci s databázemi.
• Metody uchování kmenů
Ve sbírce CCBAS-A jsou používány dva hlavní způsoby konzervace kultur. První spočívá v přeočkovávání kultur na agarových médiích ve zkumavkách (tzv. šikmé agary), které jsou pak uloženy v chladničce při cca 4 – 7 0C. Frekvence přeočkovávání je závislá na druhu uchovávané houby a pohybuje se mezi třemi a dvanácti měsíci. Sledování kultur určených k přeočkování se děje automaticky pomocí provozního databázového programu. Vlastní přeočkování se provádí (při dodržení přísné ochrany před kontaminací v laminárním boxu) přenesením malého kousku mycelia na čerstvé pevné kultivační médium ve zkumavkách. U všech kultur jsou používána paralelně dvě kultivační média: velkou většinou v kombinaci SL (základem je sladina) a GC (základem je glukosa a extrakt z kukuřičné máčecí vody); u menšiny kultur pak některá další specifická média. Druhým způsobem konzervace je kryoprezervace v kapalném dusíku. Jako nosiče houbového mycelia jsou užívány částice perlitu v kryozkumavkách, zvlhčené sladinovým médiem. Takto připravené vzorky kultur jsou zamrazovány v programovatelném počítačem řízeném zařízení IceCube podle specifických protokolů (odlišných pro různé skupiny hub) a následně uloženy do kontejneru s kapalným dusíkem. Aktivace pak probíhá vysetím na pevné agarové médium nebo do kapalného média. Vzhledem k charakteru houbových kultur je třeba vyvíjet stále dokonalejší metody jejich dlouhodobého uchovávání. Modifikovaným postupem se podařilo docílit po kryoprezervaci zachování významných morfologických, fyziologických i genetických vlastností původních kmenů včetně produkčních.
Sbírkové kultury jsou hodnoceny každoročně. Účelem hodnocení je zjistit zejména případné změny, ke kterým došlo v průběhu uchovávání. Frekvence hodnocení se liší podle použité konzervační techniky. Je samozřejmé, že vlastnosti kultur udržovaných na pevných médiích je nutno ověřovat častěji než při kryogenní konzervaci. U všech kultur je hodnocena jejich životaschopnost, makromorfologie (tvar, zabarvení, výška a hustota myceliální kolonie), mikromorfologie (vzhled hyf, jejich větvení, přítomnost přezek, spor a jejich vlastností apod.), růst (rychlost a kvalita růstu) a čistota (tj. nepřítomnost kontaminace). V případě potřeby nebo při podrobném hodnocení (interval podle variability jednotlivých kultur, většinou po 2 až 5 letech) je kromě výše uvedeného hodnocen růst kvantitativně (měřením průměru kolonií na pevném médiu nebo stanovením suché hmotnosti mycelia z tekutého média po submersní kultivaci) a případně jsou hodnoceny i biochemické vlastnosti kultury (např. stanovení enzymových aktivit, zejména u dřevokazných hub – semikvantitativní metoda API ZYM a kvantitativní metody pro vybrané enzymy). Kultury uložené v kapalném dusíku musí být před hodnocením přeneseny výsevem na pevná agarová média nebo do tekutých médií. Používají se většinou média popsaná výše pro pasážování kultur, která jsou v některých případech obohacena o kryoprotektant (většinou 5% glycerol). Obecně platí, že kultury uchovávané pasážováním jsou hodoceny jedenkrát ročně, kutury uchovávané v kapalném dusíku je třeba hodnotit nejméně jedenkrát za 5 let. Je-li vzorek kultury expedován mimo sbírku, je příslušná kultura nejprve hodnocena. U nových kultur je nutné (a u stávajících vhodné) jejich taxonomické určení. Basidiomycety jsou z tohoto hlediska značně náročná skupina hub, protože mnohé obtížně fruktifikují a myceliální kultury jsou nesnadno rozlišitelné. Proto byla ve sbírce zahájena molekulárně genetická charakterizace jednotlivých kmenů.
• Databáze
Údaje o kulturách a provozu sbírky jsou uchovávány jednak lokálně v provozní databázi, speciálně pro tuto funkci vyvinuté, jednak v centrální databázi NP ve VÚRV v Ruzyni a její lokálně umístěné dceřiné databázi na pracovišti MBÚ AV ČR, v.v.i. Databázový program je průběžně zdokonalován. Koncepce provozního databázového programu se stala základem pro vývoj databázové aplikace pro centrální databázi. Průběžně je evidováno poskytnutí vzorku kultur, popř. informací, jiným subjektům. Základem dokumentace jsou údaje o vědeckém názvu kmene (druh, kmen nebo rasa, varieta), kultivačním médiu, podmínkách kultivace, původu kmene (místo a autor izolace, země původu), o způsobu konzervace a datu poslední obnovy. Východiskem pro způsob a postup hodnocení je zákon č. 148/2003 Sb. o konzervaci a využívání genetických zdrojů rostlin a mikroorganismů významných pro výživu a zemědělství a jeho prováděcí vyhláška.
Využití sbírky:
Sbírka kultur basidiomycetů je členem World Federation of Culture Collections (WFCC) a je evidována ve World Data Centre of Microorganisms pod číslem 558. Dále je členem Federation of Czechoslovak Collections of Microorganisms (FCCM). V rámci mezinárodní spolupráce a výměny informací poskytuje sbírka údaje o uchovávaných kulturách basidiomycetů (viz centrální databáze ve VÚRV, katalogy WFCC a Federace československých sbírek mikroorganismů FCCM) a na základě objednávek i kultury do zahraničí. Sbírka spolupracuje s domácími i renomovanými zahraničními sbírkami (např. CBS v Utrechtu nebo MUCL v Louvain-la-Neuve) a univerzitami (např. ve Wageningen nebo v Oslu).
Jak bylo uvedeno, kmeny jsou využívány pro nekomerční účely výzkumu a výuky a jsou poskytovány uživatelům domácím i zahraničním.
Kontakt:
Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
Laboratoř environmentální mikrobiologie
Vídeňská 1083
142 20 Praha 4
Pracovníci/kontakt
• vedoucí sbírky
RNDr. Ivana Eichlerová, PhD, vedoucí a kurátor
• další pracovníci
Ing. Petra Dobiášová
e-mail: eichler@nullbiomed.cas.cz
tel.: 241 062 397
fax: 241 062 384
web CCBAS: www.biomed.cas.cz/ccbas/fungi.htm
Sbírka patogenů chmele, (ChI, s. r. o., Žatec)
Sbírka byla založena v roce 2003. Hlavní pozornost je věnována patogenům chmele – viry a viroidy.
• Metody uchování kmenů
infikované rostliny chmele, CaCl2, lyofilizace
• Systém kontroly
Každý rok je provedeno sledování patogenů metodou ELISA, hodnocení metodou RT-PCR současně probíhá kontinuální doplňování nových izolátů
Izoláty: ApMV, PNRSV, ArMV, HLV, HMV, HLVd
Využití sbírky:
Diagnostika patogenů – ELISA, fytopatologický – virologie
Uživatelé: SRS, ÚKZÚZ, ČZU Praha
Kontakt:
Chmelařský institut s.r.o., Žatec
Odpovědný pracovník: Ing. Petr Svoboda, CSc.
svoboda@nullchizatec.cz
+420 415 732 121
fax +420 415 732 150
http://www.chizatec.cz
Sbírka fytopatogenních mikroorganismů UPOC, (PřF UP v Olomouci)
Základ sbírky houbových fytopatogenních mikroorganismů začal Prof. Lebeda budovat již od r. 1977 během svého působení ve Šlechtitelské stanici Sempry ve Smržicích. S jeho nástupem na Katedru botaniky PřF UP v r. 1994 byly do sbírky postupně začleněny i izoláty řas a sinic (garantuje Doc.RNDr. Hašler z oddělení algologie pod vedením prof. Poulíčkové) a sbírka virů a fytoplazem (garantuje prof. Navrátil na Katedře buněčné biologie a genetiky). Sbírka je rozšiřována a doplňována sběrovými expedicemi.
• Charakteristika sbírky (kmenů), počty kultur
V národní databázi je v současnosti zařazeno:
177 izolátů 15 druhů fytopatogenních hub a houbám podobných organismů,
31 kmenů 31 druhů autotrofů (12 sinic a 19 řas),
5 izolátů 4 druhů fytoplazem a 28 izolátů 7 druhů virů
další jsou součástí pracovní kolekce.
• Aktivity/výzkumné aktivity Katedry botaniky
Genetická variabilita fytopatogenních hub;
Biodiverzita a genetická variabilita interakcí hostitel-patogen v kulturním a přírodním patosystému;
Mechanismy rezistence v interakcích hostitel-patogen;
Šlechtění rostlin (klasické i biotechnologické přístupy) na rezistenci k chorobám;
Testování rezistence patogenů vůči fungicidům;
Biologie, ekologie a genetika řas a sinic
Epidemiologie, biologie a genetika virů a fytoplazem
• Služby
poskytování kmenů pro nekomerční účely
konzultační a determinační činnost
• Začlenění do národních a mezinárodních organizací/platforem
IBEB (International Bremia Evaluation Board)
• Mezinárodní spolupráce
výměna kmenů, vývoj metodik uchovávání, kultivace a testování rezistence hostitelských rostlin
Využití sbírky:
• Využití kmenů
výuka, výzkum, testování odolnosti rostlin, referenční kmeny pro fytosanitární diagnostiku, konzultační činnost a doškolování odborných pracovníků v oblasti vodohospodářství
• Uživatelé, klienti
studenti, vyučující, vědci, odborní pracovníci ÚKZÚZ, šlechtitelských a vodohospodářských stanic
Kontakt:
Univerzita Palackého v Olomouci
Přírodovědecká fakulta
Katedra botaniky
Šlechtitelů 11
783 71 Olomouc-Holice
webová stránka: http://botany.upol.cz/
fax: 585634824
vedoucí/odpovědný pracovník
Prof. Ing. Aleš Lebeda, DrSc.
ales.lebeda@nullupol.cz
tel.: 585634800
další pracovníci
Doc. RNDr. Michaela Sedlářová, Ph.D.
michaela.sedlarova@nullupol.cz
tel.: 585634809
Mgr. Pavla Šiková
Doc. RNDr. Barbora Mieslerová, Ph.D.
RNDr. Božena Sedláková, Ph.D.
Doc. RNDr. Petr Hašler, Ph.D.
Prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. (Katedra buněčné biologie a genetiky)
Sbírka mlékárenských mikroorganismů Laktoflora® (CCDM), (Milcom, a. s., Tábor)