Ve VURV v.v.i. Praha proběhlo ve dnech 10. až 12. 5. 2022 zasedání k projektu AGENT (Activated GEnebank NeTwork, Aktivovaná síť genových bank) v rámci výzvy Horizon 2020. Koordinátor projektu profesor Nils Stein z IPK Gatersleben poskytl redaktorce Barboře Venclové rozhovor, který je zveřejněn na TV Zemědělec (Rozhovor s odborníkem).
Překlad rozhovoru:
Profesor Nils Stein je koordinátorem projektu Aktivovaná síť genových bank nazývaného AGENT. V Praze-Ruzyni jsme se potkali při příležitosti výročního zasedání účastníků projektu.
Můžete mi říci detaily o projektu?
Projekt AGENT je zaměřen na genetické zdroje rostlin uplatnitelné ve výživě a v zemědělství. Tyto zdroje jsou uchovávány v genových bankách Evropy, které vzájemně spolupracují, aby byly genetické zdroje k dispozici pro uživatele, hlavně šlechtitele, výzkum a také pro farmáře. Náš projekt je založen na spolupráci. V současnosti genové banky fungují v národním prostředí, mají genetické zdroje uloženy, ale existuje o nich pouze omezené množství informací. Šlechtitel, který chce genetické zdroje použít ve svém šlechtitelském programu, se dozví jen druh a odrůdu plodiny a její původ. Projekt AGENT se proto snaží poskytnout další podrobnější informace pro výběr odrůdy pro šlechtění, a to jak genotypové, tak fenotypové. To vše dohromady je síť spolupracujících institucí. Druhou částí je zajistit, aby byly informace trvale dostupnými prostřednictvím databází a internetových zdrojů. Proto je důležité nastavit síť na schválené standardy pro vytváření dat a jejich uchování, výměnu informací, aby spolupracující instituce vytvořily aktivně spolupracující síť.
Kdo všechno se na projektu podílí, jací partneři?
Jde o velký společný projekt v rámci programu Horizon 2020. Zahrnuje 19 partnerů, plánován je na pět let s prostředky 7 milionů EUR. Důležité je, že jde o síť genových bank. V projektu máme skutečně velké množství institucí, které jsou genovými bankami nebo s nimi těsně spolupracují. Toto reprezentuje 14 partnerů, dále máme čtyři partnery, kteří jsou experti v genomové analýze, bioinformatice, genomice a mají zkušenosti se strukturou dat a datovými standardy, které jsou potřebné k uchování dat a odpovídají FAIR standardu (nalezitelné, vyměnitelné, zpracovatelné, čitelné).
Jaký je smysl projektu a jeho aktuální výstupy?
Projekt je financován na 5 let. Nyní jsme ukončili druhý rok. Po zahájení nás zastihla pandemie Covidu, toto setkání je tedy první osobní. Na začátku projektu jsme museli vybrat materiál, který chceme charakterizovat v průběhu řešení. Z každé genové banky jsme vybrali kolekce pšenice a ječmene, celkem 500 položek, pro něž získáme genotypové informace, což je jako otisk prstu. Budeme tak schopni porozumět tomu, jestli existují duplikace mezi genovými bankami, jaké položky jsou unikátní a specifické pro jednotlivé genové banky. Cílem je pochopení toho, jaká je globální diverzita těchto důležitých druhů. Projekt nám neumožní udělat vše, protože například genové banky v Praze-Ruzyni, nebo v Německu a Francii uchovávají desetitisíce vzorků. My můžeme charakterizovat pouze vybrané množství vzorků. Díky tomu budeme schopni tyto vzorky z různých genových bank opravdu popsat, vyvinout a přizpůsobit metody potřebné k charakterizaci položek genových bank a zajistit potřebnou infrastrukturu pro data, která bude sloužit k jejich uložení a porovnání jednotlivých institucí. Důležité je, zejména z důvodů historických a výměny materiálu, že GB mají nejen unikátní materiály, ale i duplikace. To je to, co potřebujeme identifikovat. Jde o velmi důležitý aspekt projektu. Když zjistíme, že materiál je udržován a charakterizován v průběhu let na různých místech a v rozdílných klimatických podmínkách Evropy, můžeme tyto informace v rámci sítě spolupracujících genových bank soustředit. A to byl přesně náš záměr pro vytvoření této sítě. Ta bude pokračovat ve svém mandátu uchovávat materiál, ale také doplňovat nové informace, integrované na základě genotypu mezi jednotlivými centry.